インボイスの経過措置、2026年10月からどう変わる？免税事業者との取引はこう見直そう

インボイス制度がスタートしてから3年が経ち、免税事業者からの仕入れに認められていた「80%控除」の経過措置が、いよいよ2026年10月1日から縮小されます。当初の制度設計では「80%→50%」という一段階の縮小が予定されていましたが、令和8年度税制改正大綱により、実際には段階を細かく分けたスケジュールに変更されています。今回は、この変更点と、免税事業者・課税事業者それぞれが今から準備しておきたいことを解説します。

インボイス制度の経過措置とは(おさらい)

インボイス制度では、原則として適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)からの仕入れでなければ、消費税の仕入税額控除を受けられません。ただし急激な負担増を避けるため、免税事業者など「インボイスを発行できない事業者」からの仕入れについても、一定期間・一定割合は控除を認める経過措置が設けられています。

• 2023年10月1日〜2026年9月30日:仕入税額相当額の80%を控除可能

この期間はまもなく終了し、2026年10月からは控除割合が縮小されます。

2026年10月からの変更点

当初の制度では「2026年10月から50%控除」に一気に下がる予定でしたが、令和8年度税制改正大綱によりスケジュールが以下のように見直されました。

期間	控除割合
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以降	控除なし(原則どおり)

いつの取引から適用されるのか(判定基準に注意)

ここで間違えやすいのが、「支払った日」ではなく「課税仕入れを行った日」(商品の引き渡しやサービス提供を受けた日)で80%か70%かが判定される点です。国税庁も2025年10月28日公表のQ&Aでこの基準を明確化しています。

誰にとって影響がある?

免税事業者のままでいる取引先を持つ課税事業者
仕入先が免税事業者のままである場合、2026年10月以降は控除できる消費税額が縮小し、その分納税負担が増えます。取引先ごとにインボイス登録の有無を改めて確認し、価格や取引条件の見直しが必要かどうかを検討しましょう。

免税事業者のまま事業を続けている方
インボイス登録をしていない場合、取引先の負担が増えることで、価格交渉や取引縮小を打診される可能性があります。今のうちにインボイス登録のメリット・デメリットを試算しておくことをおすすめします。
なお、これから法人化を検討されている方は、新設法人が設立後2年間消費税を免除される制度もあわせて確認しておくとよいでしょう。詳しくは「法人化するタイミングは結局いつ？」の記事をご覧ください。

あわせて注意したい「2割特例」の終了

インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった小規模事業者向けの負担軽減措置「2割特例」(納税額を売上税額の2割に圧縮できる制度)も、2026年9月30日を含む課税期間をもって終了します。

• 個人事業主:2026年分の申告が最後の適用
• 法人(3月決算の場合):2026年4月〜2027年3月期が最後の適用

2割特例が使えなくなると、次は「簡易課税」か「本則課税」のどちらを選ぶかを判断する必要があります。事業の状況によって有利・不利が変わるため、早めのシミュレーションが重要です。

今から準備しておきたいこと

1. 主要な仕入先・外注先のインボイス登録状況を一覧化する
2. 免税事業者との取引について、価格や契約条件の見直しを検討する
3. 自社が2割特例を使っている場合、終了後は簡易課税・本則課税のどちらが有利か試算する
4. 会計ソフト・請求書システムが新しい控除割合に対応しているか確認する

まとめ

2026年10月からのインボイス経過措置の縮小は、当初予定の「50%」ではなく「70%」からスタートするかたちに変更されました。とはいえ、控除割合が段階的に縮小していく流れそのものは変わりません。また同じタイミングで2割特例も終了を迎えるため、免税事業者・課税事業者を問わず、取引先との関係や消費税の申告方法を見直す良い機会です。

ご自身の事業がどのような影響を受けるか、または簡易課税・本則課税のどちらが有利かなど、具体的な試算をご希望の方は当事務所までお気軽にご相談ください。

弊事務所ではインボイス制度に関するご相談や消費税申告のサポートも実施しておりますので、お困りごと等ございましたら下記のお問い合わせフォームからお気軽にお問合せください！

※なお、こちらの記事は2026年8月30日時点の情報となりますのでご留意ください。